重庆地下、地表资源丰富，组合条件较好，利用价值高，开发潜力大，是我国自然资源富集地区之一。市域植物资源丰富，6000多种各类植物中，有被称植物"活化石"的桫椤、水杉、秃杉、银杉、珙桐等珍稀树种，森林覆盖率20.49％。仅号称"川东小峨嵋"的缙云山，亚热带树木就达1700多种，至今还保留着1.6亿年以前的"活化石"水杉及伯乐树、飞蛾树等世界罕见的珍稀植物。国家级自然保护和名胜区南川金佛山，植物种类达333科5880种，有银杉、方竹、银杏、大茶树、人参等珍稀植物52种，有黑叶猴、金钱豹等国家级保护动物36种；江津四面山有1500多种植物和207种动物，国家重点保护动植物47种，珍稀动物23种。重庆药用植物资源极其丰富，是全国重要的中药材产地之一，大面积山区生长的野生和人工培植的中药材有2000余种，主要有黄连、白术、金银花、党参、贝母、天麻、厚朴、黄桕、杜仲、元胡、当归等，石柱土家族自治县黄连产量居全国第一，是著名的"黄连之乡"。全市有栽培植物560多种，主要是水稻、玉米、小麦、红薯四大类，尤以水稻居首。除粮、油、蔬菜等农作物外，还有油菜、花生、油桐、乌桕、茶叶、蚕桑、黄红麻、烤烟等名优经济作物，有"柑桔之乡"、"油桐之乡"、"乌桕之乡"的称号。黔江有生产云贵型优质烤烟的气候和地理条件，被誉为"烤烟之乡"；涪陵榨菜誉满全国，是著名的"榨菜之乡"。果树作物主要有柑桔、甜橙、柚、桃、李等，尤以柑桔最具盛名。域内各类动物资源600余种，有金丝猴、华南虎、蜂猴、黑鹳等近100种国家重点珍稀保护动物；40余种畜禽类动物中，荣昌猪为全国三大猪种之首，有"华夏国宝"之称；石柱土家族自治县为全国最大的长毛兔生产基地。

        重庆是全国大中城市中矿产资源最富集的地区之一。已发现矿产75种，初步探明的矿产40多种，探明矿藏产地353处，储量矿产潜在价值3882亿元。优势矿产有煤、天然气、锰、汞、铝、锶等。
西南铝业集团煤探明储量33亿吨，是我国南方煤炭生产的重要基地。天然气探明储量3200亿立方米，其中垫江卧龙河气田开采量居全国第一。锶矿是重庆最具特色的优势矿种，储量和质量均居全国之首。锰矿探明储量3700万吨，居全国第二。钒、钼、钡储量居全国第三。分布在秀山、酉阳的汞矿是全国罕见的特大型矿床，已探明储量1.9万吨。此外还有岩盐、重晶石、莹石、石灰石、硅等非金属矿产。

        重庆境内江河纵横，水网密布，水能蕴藏量巨大，极具开发潜力。以600余公里长江干流为线，汇集嘉陵江、渠江、涪江、乌江、大宁河等五大支流及上百条小河流。年平均水资源总量在5000亿立方米左右，每平方公里水面积全国第一，水能资源理论蕴藏量为1438.28万千瓦，可开发量750万千瓦，全市每平方公里拥有可开发水电总装机容量是全国平均数的3倍，水能资源开发量在全国城市中名列前茅。此外，还有丰富的地下热能和饮用矿泉水，开发潜力巨大。