出入境证件办理严格按照国务院价格行政部门和财政部门的规定执行收费标准，同时根据《重庆市行政事业性收费管理条例》的规定严格执行“收缴分离”，即收费单位不得直接收取现金。2017年4月8日，出入境推出微信支付缴费，变得更加便捷。目前将主要三种缴费方式的流程介绍如下：
一、POS刷卡缴费。申请人在受理单位提交申请材料成功后，受理窗口出具《因私出境证件受理回执》，申请人凭此受理回执到缴费窗口开具《非税收入一般缴款书》，上面注明缴款人、缴费银行和缴费项目、金额。申请人根据缴款书上金额出具带有银联标志的银行卡进行POS刷卡缴费，在POS机打印的小票上签署持卡人姓名，缴费窗口将盖有收费章的《非税收入一般缴款书》第四联交还申请人作为出入境证件办理缴费凭证，POS刷卡缴费流程完成。
二、自助缴费。申请人在受理单位提交申请材料后，受理窗口出具《因私出境证件受理回执》。申请人在自助缴费机上扫描受理回执条码或刷申请人身份证后，系统自动提取其待缴费信息，确认收费金额，按系统提示插入带有银联标志的银行卡，输入密码，完成银联扣款后，系统打印POS缴费小票，取走银行卡，自助缴费完成。
三、微信支付缴费。申请人在受理单位提交申请材料后，受理窗口出具《因私出境证件受理回执》。申请人通过手机微信“扫一扫”功能，扫码读取“申请受理回执单”上的二维码缴费信息，微信支付系统读取后，获取财政电子票据号，确认缴费金额并支付，支付成功后系统将向申请人发送“微信支付凭证”，微信支付缴费完成。
特别提醒：
1.选择自助缴费和微信支付缴费的申请人，如需要收费票据，请在缴费成功十分钟后到前台受理窗口申请补打《非税收入电子缴款专用收据》。
2.自助缴费机上缴费需持“居民二代身份证”或扫描受理回执条码。